ＳＰクラスのボスはＥＸを倒した後に一度ウェーブアウトしないと出てきません。
| オックスファイア |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
最終話で対戦＆コダマタウンの電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、コダマタウンの電波にエンカウント出現。 |
| キグナス・ウィング |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
最終話で対戦＆アマケン・研究室の電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、研究室の電波にエンカウント出現。 |
| ハープ・ノート |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
展望台の電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、展望台の電波にエンカウント出現。 |
| リブラ・バランス |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
最終話で対戦＆５−Ａ教室の電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、５−Ａ教室の電波にエンカウント出現。 |
| オヒュカス・クイーン |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
最終話で対戦＆ヤシブタウンの電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、ヤシブタウンの電波にエンカウント出現。 |
| ジェミニ・スパーク＿Ｂ&ジェミニ・スパーク＿Ｗ |
| ノーマル |
ストーリー上で対戦。 |
| ＥＸ |
ドリーム公園の電波。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、ドリーム公園の電波にエンカウント出現。 |
| キャンサー・バブル |
| ノーマル |
BIGWAVEにいる少年に話しかけた後、アマケン玄関の電波。 |
| ＥＸ |
ノーマル戦後。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後。 |
| ウルフ・フォレスト |
| ノーマル |
デパートの展示場前にいる男性に話しかけた後、展示場の電波。 |
| ＥＸ |
ノーマル戦後。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後。 |
| クラウン・サンダー |
| ノーマル |
廃棄物置場1にいる幽霊に話しかけた後、ゴミ集積場の電波。 |
| ＥＸ |
ノーマル戦後。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後。 |
| ペガサス・マジック レオ・キングダム ドラゴン・スカイ |
| ノーマル |
宇宙空間の電波３の最深部。 |
| ＥＸ |
宇宙空間の電波３、隠し通路付近の行き止まり。 |
| ＳＰ |
ＥＸ戦後、宇宙空間の電波３にエンカウント出現。 |
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